2000-2019

De opdracht in de hoogste reeks was niet van de poes. Het klikte niet met de nieuwe trainer Jan Van Bosch en al vlug nam hulptrainer Ivo Minnen het roer over.
Op karakter deed Branddonk wat het kon, maar tegen de rechtstreekse concurrenten liet de ploeg het te dikwijls afweten. Zo kwam Branddonk uiteindelijk uit op de 14de plaats. Het lot lag dan in handen van Witgoor Sport dat via de strafschoppen werd uitgeschakeld in de eindronde voor dalers van vierde nationale en, ongewild, in zijn val Branddonk meetrok.
Trainer Minnen kon niets aangewreven worden en bleef het volste vertrouwen genieten. Er was niet veel tijd nodig om een nieuwe en jonge ploeg neer te zetten. In 1999 nam Branddonk afscheid van zijn voorzitter Sus Wils die de club bijna 40 jaar met een groot hart bestuurd had.
Kinesist Ronny Peeters werd zijn opvolger. Hem wachtte de moeilijke taak om de lijnen uit te zetten op een moment dat enkele trouwe krachten uit het bestuur wegvielen, net in de na-Bosman-periode, waarin de inbreng van sponsors steeds groter werd. Intussen deed de jeugd van zich spreken. De miniemen speelden in het ‘Kuipke’ van Westerlo de finale van de Jeugdcup Het Volk en moesten enkel in het sterke Hemiksem hun meerdere erkennen.
Na een overgangsjaar speelde Branddonk, zonder echte concurrentie, terug kampioen. Die sterke ploeg ging bijna ongewijzigd aan de slag in Eerste Provinciale en zou daar voor furore zorgen. In de eerste periode was Branddonk onstuitbaar en net wanneer groen-zwart voor de eerste keer in het bestaan uitkwam tegen Witgoor werd de eerste periodetitel binnen gehaald. Deze derby kende met 1.400 toeschouwers een recordopkomst. Het seizoen kon niet meer stuk. Ook niet wanneer later in de eindronde het Berchem van de Armeense diamantair Vasken Cavatti en de Antwerpse vliegmagnaat Freddy Van Gaever iets te sterk bleek.
Het tweede jaar in eerste provinciale verging het groen-zwart minder goed. De degradatie kon niet vermeden worden. Intussen had Bruno Weyts op het einde van het seizoen de touwtjes overgenomen van Ivo Minnen, die mocht terugkijken op vijf overwegend succesvolle jaren. Onder de leiding van Bruno Weyts herpakte Branddonk zich in tweede provinciale. Zijn tweede seizoen verliep, mede door een groot aantal gekwetsten, moeizamer. De buren van de markt verging het al niet veel beter. Bij het begin van de tweede ronde werd de derby op Retie gespeeld met als inzet de rode lantaarn.
Het derde jaar onder Bruno Weyts (seizoen 2004-2005) was een schot in de roos. De mengeling van een eigen sterke lichting met goeie spelers uit de streek en enkele gerichte transfers leverde de club geen windeieren op. Voor de derde keer in minder dan tien jaar werd met een kampioenstitel promotie afgedwongen naar eerste provinciale. Op transfervlak werden geen zotte toeren uitgehaald en toch draaide groen-zwart in eerste instantie meer dan behoorlijk mee in de hoogste provinciale reeks. In de tweede ronde liet de ploeg het echter afweten. Gelukkig zorgde een hard bevochten overwinning op de laatste speeldag bij Edegem alsnog voor het behoud.
In 2005 mocht Branddonk 50 kaarsjes uitblazen. Dat werd op gepaste wijze gevierd.
De eerste ploeg stond daarna voor de niet simpele taak om in het tweede seizoen in eerste provinciale beter te doen dan in het eerste. Goeie periodes werden afgewisseld met mindere, maar uiteindelijk waren de schaapjes vlugger op het droge dan een jaar voordien. Dat betekende dat Branddonk voor de derde keer op rij mocht uitkomen in eerste provinciale ( seizoen 2007-2008 ) en dat was in de voorbije 50 jaar nog nooit gelukt!